كون طوبغرافية قطاع غزة شبه مستوية مع اختلاف بسيط في التضاريس(0-80 متر/فوق سطح الارض) ومع قلة الامطار نسبيا فإن المياه السطحية لا تأخذ حيزا كبيرا من مصادر المياه ، حيث يوجد في قطاع غزة 3 أودية رئيسية وهى :
وادي بيت حانون: ويقع في الجزء الشمالي من قطاع غزة ، ومنبعه يقع فى الأراضي الاسرائيلية شرقا ومصبه يقع أيضا داخل اسرائيل مرورا بقطاع غزة ويعتبر من الأودية الجافة تقريبا عدى في السنوات الممطرة التي قد ينتج عنها أحيانا تدفق وسريان مياه الوادي ولكن بمعدلات قليلة وهذا يحدث مرة في العشرة أو العشرين عاما ولهذا السبب هناك تعديات واضحة على مجرى الوادي داخل قطاع غزة واستخدام أراضيه من قبل المواطنيين.
وادي غزة: من الأودية الرئيسية في قطاع غزة ويقع في جنوب مدينة غزة وتنبع مياهه أيضا خارج أراضي قطاع غزة شرقا امثدادا حتى جبال الخليل بمساحة تجميع تصل إلى حوالي 5000كم2 ، وفي سنوات غزيرة الأمطار تتدفق مياهه خلال الوادي بمعدل يصل إلى حوالي 20مليون متر مكعب سنويا متدفقة غربا إلى البحر الأبيض المتوسط ، علما بأن إسرائيل تقوم بحجز التدفق الطبيعي لمياه الوادي إلى قطاع غزة من خلال إنشاء عدة مصدات لتجميع المياه السطحية واستخدامها في مشاريع زراعية أو صناعية مما يجعل الوادي جافا معظم السنوات عدا السنوات الغزيرة الأمطارحيث لا تتمكن اسرائيل من السيطرة عليها أو تجميعا كونها تزيد عن الطاقة التخزينية الموجودة وقد لوحظ ذلك عدة مرات كان آخرها شتاؤها 2009/2010. ونتيجة لذلك التدفق السريع الذي يحصل في فترة زمنية قصيرة تنتج عنه عدة أضرار وفيضانات على جانبي الوادي داخل قطاع غزة كنتيجة طبيعية لعدم قدرة مجرى الوادي على استيعاب هذه الكميات الكبيرة.
وادي السلقا : يقع هذا الوادي في وسط قطاع غزة (جنوب دير البلح) متجها من الشرق إلى الغرب وهو من الأودية الصغيرة والذي ليس له مصب إلى البحر الأبيض المتوسط كدليل لقلة مياهه وبطئ تدفقة ، حيث أن معظم مياهه ناتجة من تجميع مياه الأمطار المحلية في نطاق منخفض الوادي ولفترة زمنية محدودة.