تقسم أهداف سلطة المياه الى:
- أهداف تطويرية عليا، والتي تهدف لتحقيق النمو الاقتصادي والأمن المائي والغذائي من خلال تأمين الحقوق المائية للفلسطينيين، وتحقيق التوزيع العادل لمصادر المياه بين القطاعات المختلفة، وتحقيق التنمية المستدامة لهذه المصادر من خلال حمايتها، والإدارة الناجعة والمنصفة لكافة المصادر المائية، وتتولى سلطة المياه المسؤولية الأساسية عن إدارة هذه المصادر.
- أهداف عامة وهي:
- تنظيم وإدارة قطاع المياه والصرف الصحي في فلسطين، بما يضمن تأمين الحقوق المائية وتحقيق التوزيع العادل بين كافة القطاعات المختلفة.
- ضمان أنجع وأمثل الطرق لإدارة مصادر المياه المتوفرة في فلسطين كافة وتنميتها بشكل مستدام، من اجل تحقيق الموازنة بين كميات المياه المتوفرة كماً ونوعاً وحاجات الشعب الفلسطيني في الحاضر والمستقبل.
- تحقيق الإستخدام الأمثل لمصادر المياه من خلال تطوير خدمات المياه بما يضمن الأمن المائي والغذائي والتنمية الاقتصادية للدولة الفلسطينية.
- أهداف فرعية وهي:
- تدعيم وتقوية البناء المؤسسي لقطاع المياه، والعمل على بناء مرافق المياه الوطنية والإقليمية لتطوير خدمات المياه.
- تحقيق كادر مؤهل في قطاع المياه والصرف الصحي بمؤهلات مهنية عالية، يعمل على رفع كفاءة عمل القطاع بما يتلاءم مع المواصفات والمقاييس المطلوبة.
- تطوير وضمان مواصفات وجودة الأعمال الفنية الهندسية المتعلقة بمشاريع المياه والصرف الصحي للخروج ببنية تحتية متينة تخدم أطول فترة ممكنة بأقل تكلفة.
- توفير البيئة المناسبة والتطوير المستدام لمصادر المياه، التي تضمن توفير المياه للمواطن الفلسطيني بنوعية مناسبة وكمية كافية وبسعر مناسب.
- التأكد من عدم التجاوز في استغلال مصادر المياه عما هو مقر لها، وبالشكل الذي يضمن ديمومتها وعدم استنزافها وتلويثها، وأن تكون الخدمة المقدمة للمواطن هي ضمن المعايير المعتمدة.
- التأكد من توفر مصادر المياه بما يضمن ديمومتها، والعمل على التأكد من نوعية وجودة المياه بما يتلاءم مع المواصفات العامة.
- الإدارة المتكاملة للمصادر المائية والتخطيط الشامل لقطاع المياه وعمل الخطة الوطنية التطويرية بما يتلاءم مع مصادر المياه المتوفرة وبالتنسيق مع كافة الشركاء.