اعتمدت سلطة المياه مبدأ التخطيط الاستراتيجي المتوسط والبعيد المدى كأساس لمتابعة وتنفيذ أعمالها ومهامها كما حددها القانون، من أجل تحقيق الإدارة المتكاملة والمستدامة لمصادر المياه والعمل على الحفاظ عليها وحمايتها. وذلك انطلاقًا من إدراك السلطة لأهمية التخطيط الاستراتيجي لقطاع المياه والصرف الصحي للوصول إلى تطبيق فعلي ودقيق لمفاهيم الإدارة المتكاملة لمصادر المياه المستدامة في فلسطين. حيث يتم إعداد الاستراتيجيات بالاعتماد على معطيات وتحليلات وباستخدام منهجية تشاركية لكافة الوحدات التنظيمية والمؤسسات ذات العلاقة