تواجه سلطة المياه جملة من التحديات والتي تعيق القدرة على تنفيذ التدخلات العاجلة أهمها:
- القطع الكامل لكافة إمدادات الطاقة إلى قطاع غزة، حيث تسببت حالات الانقطاع الكامل للكهرباء ونقص الوقود في تعطيل عمل منشآت المياه والصرف الصحي، مما جعلها تعتمد بشكل كلي على إمدادات الوقود المحدودة المتاحة.
- المخاطر الأمنية على الأرض وما يترتب عليها من مخاطر تنقل وعمل الطواقم، وقد أسفرت عدة حوادث عن وقوع إصابات وشهداء بين زملائنا العاملين في قطاع المياه والصرف الصحي خلال تأدية واجبهم، كان آخرها بتاريخ 24-مارس/ آذار-2025 والذي استشهد على إثره 3 من العاملين في القطاع شرق محافظة خانيونس خلال تأديتهم لمهامهم الإغاثية.
- التعطيل المتكرر لوصلات مياه ميكروت وآخرها وصلة المياه في مدينة غزة والتي تعطلت نتيجة تدمير جزء من الخط المغذي بتاريخ 4/4/2025خلال التصعيد العسكري، إضافة إلى الخط المغذي لمياه ميكوروت في المحافظة الوسطى، والمعطل منذ ما يزيد عن شهرين بتاريخ 22/01/20225 بالإضافة إلى الوصلة المغذية لبلدة خزاعة، وما يترتب على ذلك من جهود مضنية لاعادة تأهيل الخطوط بالتوامن مع صعوبة توفير المواد والمعدات اللازمة.
- تعقيد وعدم وضوح عملية الحصول على التنسيقات اللازمة لسلامة الطواقم والمعدات في مواقع العمل، حيث رفض الاحتلال منح التنسيقات اللازمة لأعمال صيانة خطوط المحافظة الوسطى ا حيث تقع هذه الخطوط ضمن ما يعرف بالمنطقة العازلة.
- التهجير القسري المستمر والواسع النطاق، والذي أدى إلى زيادة الضغط على مصادر المياه ومرافق الصرف الصحي في مناطق محددة.
- تدمير مقرات العمل الخاصة بسلطة المياه بالإضافة إلى تدمير مخازنها الرئيسية الخاصة بقطع الغيار والصيانة، إضافة إلى استهداف المخازن والمواد والمعدات والآلات الخاصة بمقدمي الخدمات المحليون، مثل استهداف المستودع المركزي لمصلحة مياه بلديات الساحل
- الدمار الكبير الذي لحق بالبنية التحتية للمياه والصرف الصحي وصعوبة ادخال الوقود كأساس لتشغيل المرافق، إضافة إلى إيقاف توريد قطع الصيانة اللازمة والمواد الضرورية. ومؤخرا وبعد قرار اسرائيل منع ادخال المساعدات أصبح الوقود شبه منعدم في غزة، بالتوازي مع نفاد المواد الإنشائية من السوق المحلي.
- الصعوبة الناجمة عن تراكم الأنقاض والدمار الكبير في البنية التحتية.